BSCI验厂发现扣除员工工资，如果是以下几项是合法的：

1、法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。该规定16条还规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求劳动者赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得过劳动者当月工资的20.若扣除后的剩余工资部分低于当地月工资标准，则按工资标准支付。